Божедомка, божедомье. Эти названия связаны с древней русской традицией погребения безвестных усопших, бездомных и нищих, которых некому было хоронить. По тогдашней традиции за городом устраивалась огороженная и покрытая крышей яма, в которую и складывались их тела. Ежегодно, на седьмой неделе по Пасхе, к божедомке стекались крестные ходы из городских приходов с большим количеством горожан, и священнослужители совершали отпевание божедомцев, после чего они предавались земле. Помолиться за них считалось делом богоугодным. Такая божедомка была и на самой окраине Ярославля, по Угличской дороге. Первый деревянный храм на этом месте известен с начала XVII в. В камне храм выстроен в 1670-х годах на средства купца, «государева гостя», Семена Астафьева Лузина.
Владимирский храм является уникальным в своем роде. Его центральный четверик венчают три шатра с главками. Шатровые храмы, имевшие распространение до середины XVII в., были запрещены патриархом Никоном. Шатры каменных церквей пришли из традиций русской деревянной архитектуры, патриарх же стремился во всем следовать греческим образцам. Несмотря на это, ярославские зодчие воздвигают трехшатровый храм, как памятник погребенным здесь христианам. Это единственный подобный храм в г. Ярославле и один из последних на святой Руси.
При императрице Екатерине Великой в 1771 г. божедомки, «убогие дома», были повсеместно запрещены, а кладбища стали устраивать за городской чертой. При Владимирской церкви устроено было городское кладбище, позже перенесенное к Леонтьевской церкви. Таким образом, со второй половины XVIII в. захоронений при храме не производилось. Храм стал приходским для расширяющегося окраинного района Всполья. В 1821 г. на средства местных жителей был построен еще один храм – в честь Покрова Божией Матери – праздника, очень почитаемого русскими христианами.
Кровавые события июля 1918 г. не обошли стороной приход на Божедомке. Красноармейцы жестоко подавляли белогвардейский мятеж в г. Ярославле, пролилось много невинной крови и пострадало большое количество памятников архитектуры. С колокольни Владимирской церкви, предположительно, отстреливался от красноармейцев пулеметчик, который сумел скрыться от преследователей. Тогда вместо него был расстрелян священник Геннадий Здоровцев, с 1914 г. служивший здесь настоятелем. Случилось это на следующий день после убийства царской семьи в г. Екатеринбурге. Священномученик Геннадий прославлен в лике святых, его память совершается в день мученической кончины, 18 июля по новому стилю, вместе с памятью прп. Сергия Радонежского.
Владимирский храм закрыт советской властью в 1929 г. Теплый Покровский храм был до неузнаваемости перестроен, снесены купол и колокольня, надстроен второй этаж. Сейчас в здании бывшего храма находится «Региональный фонд содействия капитальному ремонту многоквартирных домов Ярославской области».
Храм Владимирской иконы Царицы Небесной в годы правления безбожной власти был превращен в заводской склад, в нем хранились различные химические вещества, что негативно сказалось на сохранности памятника архитектуры. В 1992 г. храм был передан общине неканонической, т.е. устроенной вразрез с древними канонами Церкви Христовой и не признанной мировым Православием, так называемой «Русской Православной Свободной (позже – Автономной) Церкви».
Летом 2017 г. Росимущество – Федеральное агентство по управлению государственным имуществом – передало на законном основании Владимирский храм в собственность Русской Православной Церкви.
Указом Высокопреосвященнейшего Пантелеимона, митрополита Ярославского и Ростовского, от 2 августа текущего года настоятелем новообразованной общины храма Владимирской иконы Божией Матери назначен штатный клирик Крестобогородского храма г. Ярославля священник Алексий Морозов.
